Les Claymore sont des guerrières mi-humaines mi-Yomas auxquelles font appel les villageois pour se protéger des démons tels que les yomas. Craintes et redoutées, on les distingue à leurs yeux argentés et à l'épée gigantesque qu'elles portent sur le dos.
Clare est l'une d'elles. Appelée dans un village pour éliminer les démons qui attaquent et dévorent la population, elle tue l'avant-dernier membre, devenu yoma, d'une famille déjà décimée. Le dernier survivant, Raki, se retrouvant seul, décide alors de la suivre dans ses aventures sanguinaires. Il découvrira peu à peu les secrets et le destin tragique de ces femmes singulières.
Plus tard, on découvrira que Claire a été autrefois la fille adoptive de Teresa, l'ex n°1 des Claymore, assassinée par un Être Éveillé (claymore utilisant sa moitie demon comme "instinct"). Clare cherche à devenir plus forte, afin de retrouver cet Être Éveillé (ex n°2 de l'organisation, dénomée Priscilla) et venger Teresa.